Az 1866-ban alapított Bethesda-kórház közel száz éven át állt a gyógyítás szolgálatában keresztyén lelkületet sugározva. Az 1950-es évek kommunista diktatúrája az ország egészének, így a magyar egészségügynek is sok nehézséget okozott. Az addigi fenntartó, a Filadelfia Diakonissza Alapítvány 1951 végére kénytelen volt átadni az intézményt, melynek következményeként a Bethesda-kórház protestáns egyházi alkalmazottak kórházává alakult át.
A pártállam célszerűnek látta, hogy a különböző nagyobb felekezetek egyházi alkalmazottai számára egy-egy kórházat meghagyjon, a katolikusok, a zsidó hitközség és a protestánsok részére is egyet-egyet. A protestánsok számára megmaradt a Bethesda, így jött létre a Protestáns Egyházi Alkalmazottak Kórházi Bizottsága. Annak ellenére, hogy a Nagy Imre-kormány már leállította az államosításokat, 1953-ban, egyetlen gyógyító intézményként államosították a kórházat. Az 1960-as évek elejétől Apáthy István Gyermekkórházként működött. Ezen intézményi keretek között 1992. június 30-ig folyt a lelkiismeretes gyógyítás.
1990-ben kezdődtek meg a tárgyalások az állam és az egyház között, melyek eredményeként a kórház 1992. július 1-jén került újra református kézbe, fenntartva az államosítás után kialakult gyermekkórházi profilt. Ekkor nevezték ki főigazgatónak Dizseri Tamás (1949-2003) gyermekorvost, akinek feladata volt a leromlott állapotú ingatlanok helyrehozatala és egy olyan munkahelyi légkör kialakítása, amelyben a gyerekek között végzett gyógyító szolgálatot áthatja a régi Bethesda diakonisszáinak karitatív lelkülete.
Dizseri Tamás a kórház főigazgatói tevékenysége mellett a magyar egészségügy egészét is szolgálta, sokat tett az országos gyermekellátó-rendszer javításáért. Áldozatos munkáját 2000-ben Batthyány Strattmann László-díjjal, 2001-ben Zugló emlékéremmel és 2002-ben Széchenyi-díjjal ismerték el. 2003. januárjában váratlanul elhunyt. Emlékére szeretetszolgálati díjat alapítottak, amelyet évente a diakónia területén értékeset alkotó ember részére ítélnek meg.
Halála után Velkey György, korábbi orvos-igazgató vette át az intézmény irányítását. Az elmúlt bő egy évtizedben számos fejlesztés valósult meg. Az országos hatókörrel működő égéssebészeti osztály mellett szinte az összes osztályt felújították.