A Kelet-Európán 1989-90-ben végigsöprő rendszerváltást követően ismét szorosabb lett az 1920-tól egymástól elkülönülten fejlődő református közösségek kapcsolata. Az 1938-as debreceni magyar református világgyűlés mintájára 1991-ben tartották a magyar reformátusok második világtalálkozóját, melyet azóta még öt követett. A gyülekezeti testvérkapcsolatok és határmenti regionális együttműködések felélesztését a 2000-es évek európai integrációs hulláma is segítette.
A 2004 óta a Kárpát-medencei református egyházak, egyházkerületek és egyházmegyék hivatalban lévő vezetői rendszeresen találkoznak az erre a célra létrehozott testület, a Generális Konvent keretein belül. A Generális Konvent kezdeti célkitűzései közt egyebek mellett szerepelt egymás kölcsönös tájékoztatása, az egységes és egyeztetett érdekképviselet a nemzetközi egyházi szervezetekben, az egymás iránti testvéri szolidaritás határozottabb gyakorlása, az egységes liturgia és jogalkotás kérdése, valamint a lelkipásztor- és teológusképzés – az egyháztestek saját hagyományait figyelembe vevő – szervezeti és tartalmi egységesítése.
A megerősödő kapcsolatok és együttműködés következő állomásaként a 2009. május 22-ére összehívott debreceni alkotmányozó zsinat résztvevői ellenszavazat és tartózkodás nélkül fogadták el a Magyar Református Egyház alkotmányát. A dokumentumot a magyarországi református egyházkerületek, az erdélyi, a királyhágómelléki, délvidéki és kárpátaljai magyar református egyházak képviselői látták el kézjegyükkel. Az ülésén csatlakozott továbbá az Amerikai Magyar Református Egyház, később a felvidéki, majd a horvátországi közösség is.
Az egységes Magyar Református Egyház megalakulása nem jelenti azt, hogy új egyház született volna, csupán a meglévő egyháztestek tették újra láthatóvá a korábban már létrehozott, de történelmi okok folytán megszűnt szervezeti egységet. Nem teljes összeolvadásról van szó, ugyanis a csatlakozó egyházak megőrizték jogi önállóságukat, a közös zsinat pedig csak azokban a kérdésekben dönt, amelyekre azok felhatalmazták.
A közös zsinatot 2009 óta eddig egyszer, 2013-ban hívták össze, amikor a magyar reformátusság közösen fogadta el a Heidelbergi Káté megújított szövegét. 2017-ben pedig – az 1567-es debreceni zsinatra emlékezve – a Második Helvét Hitvallás új magyar fordítását fogadhatják el.