A sok emberéletet követelő küzdelem első mérföldköve az 1529-es Speyeri egyezmény volt, ahol kimondták, hogy azok, akik már elfogadták Luther tanait és szakítottak a katolikus egyházzal, megmaradhatnak hitükben, de azt nem terjeszthetik. Ezzel a megoldással Luther követői nem értettek egyet, tiltakoztak ellene (protestáltak – nevük is innen ered), így nem ért véget a háború.

Egy évvel később az 1530. évi augsburgi birodalmi gyűlés megerősítette a wormsi ediktumot és elutasította az Ágostai hitvallást. Ennek hatására a katolikus rendek a nürnbergi ligába, Luther követői pedig a schmalkaldeni szövetségbe tömörültek. V. Károly német-római császár 1546-ban háborút indított a szövetség ellen, majd 1548-ban törvényben is megtiltotta a vallási újításokat a birodalom területén.

A törvény miatt a protestánssá lett fejedelmek újból összefogtak és ismét áldozatokat követelő fegyveres harcok következtek. 1552-ben fegyverszünetet kötöttek Passauban, ahol a protestáns rendek elérték vallásszabadságuk biztosítását, bár ennek írásba foglalása a birodalmi gyűlésre maradt.

A birodalmi gyűlést V. Károly Augsburgba hívta össze 1555 szeptemberére, majd annak vezetését testvérére, I. Ferdinánd magyar királyra bízta. A hosszú éveken át tartó harcok folyamatos pusztítása után a fejedelmek békére vágytak, ennek szükségességét pedig Ferdinánd is látta. Ő is és a fejedelmek is tudták, hogy a vallási elszakadás már visszavonhatatlan.

Így jött létre az augsburgi vallásbéke, mely a katolikus rendeknek és a lutheri Ágostai hitvallást követőknek ugyanazt a védelmet biztosította: a továbbiakban nem lehetett vallási hovatartozásuk miatt üldözni őket. Ekkor mondták ki a „Cuius regio, eius religio” („akié a föld, azé a vallás”) elvet, mely szerint a mindenkori földbirtokos választja meg a vallást saját területén, az ott élőknek pedig az általa választott vallásra kell térniük.

Az augsburgi vallásbéke azonban csupán a háborús helyzetet hívatott megszüntetni, célja nem a valódi vallási tolerancia volt. A megállapodás – bár kiemelkedő jelentőséggel bírt a protestantizmus terjedésében – nem vonatkozott a többi felekezetre, a védelem nem terjedt ki például a reformáció helvét ágát követőkre.