Tíz évvel a türelmi rendelet kiadása után, 1791-ben a császári udvar engedélyezte a reformátusoknak és az evangélikusoknak, hogy zsinatot tartsanak. Már ezen a budai gyűlésen felmerült, hogy új, országos szintű szervezeti formában éljen tovább a török, majd Habsburg uralom örökségeként több önálló egyházkerületben létező reformátusság. A megvalósulásra 90 évet kellett várni: az ország társadalmi légkörének és politikai berendezkedésének változása, s a megnövekedett országos feladatok száma a 19. század végére egyenesen szükségessé tette a kerületekben folyó munka egyeztetését.
A dunamelléki, a dunántúli, a tiszáninneni, a tiszántúli és az erdélyi egyházkerületek az 1881-es debreceni zsinaton összehangolták meglévő egyházkormányzati elveiket. Az így megszülető országos egyház (máig) a többségi rendszer, a testületi kormányzás és a paritás elve alapján működik. A paritás azt jelenti, hogy – a gyülekezeteket irányító presbitériumokat kivéve – minden egyházi testület azonos számú lelkészi és nem lelkészi tagból áll. Ezeket egyébként a gyülekezetek tagjaiból és a gyülekezet lelkészéből álló presbitériumok választják.
Az országos egyház legfőbb törvényhozó testülete a zsinat lett, melyet kezdetben tízévente hívtak össze. Két ülés között az úgynevezett egyetemes konvent testülete képviselte az egyházat, valamint az intézte az országos ügyeket: többek között koordinálta a missziót, a diakóniát és az egyházi közoktatást.
Az egyetemes konvent 1897-ben elhatározta, hogy a zsinati ülések, valamint a konvent munkájához kapcsolódó irodák, bizottságok működésének helyszínéül önálló épületet kell kijelölni a fővárosban. 1903-ban a zsinat új épület építése mellett döntött, majd miután erre a célra megvásárolták az budapesti Abonyi és a Szabó József utca sarkán lévő telket, 1907-ben tervezői pályázatot írtak ki. A Hajós Alfréd és Villányi János építészpáros által véglegesített tervek alapján megépült zsinati székház a historizáló stílus jegyeit hordozza magán, amely az elmúlt korok stílusainak újraélesztését tűzte ki célul és leginkább az építészetben virágzott a 19. század második felétől.
Az épületet 1909. április 5-én vehették használatba. A zsinat ülésterme a díszterembe került, ahol a padsorok széles karéjban ölelik körül az elnökségi emelvényt. Az első zsinati ülést az új székházban 1909. április 21-én tartották, megemlékezve Kálvin János születésének 400. évfordulójáról. Antal Gábor püspök nyitó áhítatát követően br. Bánffy Dezső főgondnok, az előkészítő bizottság elnöke e szavakkal adta át az épületet:
„(...) kezdjük meg itt most már tanácskozásainkat, egyetemes egyházunk javára, békességes hangulatban, nagy törekvéssel és igyekezettel arra, hogy törvényileg biztosított autonómiánk s az ezzel alkotott szervek kezéből ki ne csavartassék a vezetés, mert ha ez megtörténik, akkor bizony gyöngébbek leszünk és nem a törvény fog felettünk állani, csak máról holnapra felhangzó, változó hangulat, mely forradalmakat csinálhat, de építeni fokozatosan és biztosan, állandó szervezetet fenntartani nem képes.”