Kálvin János 1509. július 10-én a franciaországi Noyonban látta meg a napvilágot. Joghallgatóként megismerkedett a humanizmus eszméivel, majd teológiai tanulmányai közben találkozott a reformáció eszméivel és Luther Márton tanaival. Egyetemének 1533-as évnyitó beszédben nyíltan kiállt azok mellett, ezért az iskola rektorával együtt menekülnie kellett Párizsból. Így jutott el Svájcba, Bázel városába, ahol 1536-ban megírta élete fő művének, A keresztyén vallás rendszerének (Institutio Religionis Christianae) első változatát, mely ismertté tette nevét a reformáció hívei között.
Ezt követően Genfbe utazott, ahol a lakosság marasztalta őt. Eredetileg csak műveivel kívánta a reformáció ügyét szolgálni, de hamar hitvitákat kezdett folytatni más reformátorokkal és szigorú szabályokat dolgozott ki a közösség számára. A genfi polgárok kezdetben inkább kényelemből fogadták el a reformáció tanait, de Kálvin azon munkálkodott, hogy valóban érezzék meg életükben Isten kegyelmét. Ez nem tetszett a lakosságnak és elüldözték Genfből, de három évvel később ők maguk hívták vissza, elfogadva szabályait.
Ő is a Szentírást tartotta a keresztyén hit alapjának, prédikációi során csaknem az egész Bibliát végigmagyarázta, és Isten dicsőségét hirdette mind beszédeiben, mind írásaiban. Írt egyházi törvénykönyvet, készített istentiszteleti rendtartást (liturgiát) és összeállította a Genfi Kátét is (hitvallást párbeszédes formában), az Institutio-t pedig folyamatosan bővítette. Sokszor hangsúlyozta, hogy az egyháznak meg kell küzdenie azért, hogy Isten akarata érvényesülhessen a világban.
Mélyen tisztelte és szellemi atyjának tekintette Luther Mártont, munkájában támaszkodott is tanaira, de az úrvacsora kérdésében más elveket vallott. Köztes álláspontot fogalmazott meg Luther és Zwingli tanai között: eszerint Krisztus valóban jelen van az úrvacsorán, de nem materiális módon, hanem Lelke által.
Munkásságának hatása egész Európára kiterjedt: lelki, tudományos és egyházszervezési tekintetben felbecsülhetetlen értékű örökséget hagyott maga után. Életének 55. évében, 1564. május 27-én halt meg Genfben, ahol kívánsága szerint jeltelen sírba temették.