Az első világháborút követően a trianoni békekötés (1920. június 4.) után a területének kétharmadát elvesztett Magyarországgal együtt a Magyarországi Református Egyház tagjainak fele találta magát határon kívül.
Bármennyire is szerették volna, az erdélyi, felvidéki, kárpátaljai és délvidéki református közösségek jogilag nem maradhattak a magyarországi egyház részei, az új állami hatóságok rossz szemmel néztek és tiltottak mindenféle kapcsolatot az anyaországi egyházzal. A Csehszlovákiába, a Romániába és a Szerb-Horvát-Szlovén Királyságba szakadt területeknek tehát meg kellett szervezniük életüket.
A Csehszlovák Köztársaságban a református közösség három egyházkerületet szervezett meg (a dunáninnenit, a tiszáninnenit és a kárpátaljait), bár törvényei az államtól a két világháború között nem nyertek semmilyen elismerést. A második világháború után Kárpátalját az ottani egyházkerülettel együtt a Szovjetunióhoz csatolták.
Az első világháború után Romániához került az Erdélyi Református Egyházkerület, valamint a Tiszáninnenhez tartozó partiumi területek is, melyekből 1921-ben létrejött a két világháború között sokáig szintén el nem ismert Királyhágómelléki Református Egyházkerület. A két egyházkerület Romániai Református Egyház néven zsinati közösséget alkot.
Délvidéken is tovább éltek és szolgálatak a református közösségek, de csak 1933-ban alakulhatott meg a Jugoszláv Királysági Református Keresztyén Egyház, mely a '90-es években Jugoszlávia szétesésével maga is aprózódott: létrejött a Szerbiai Református Keresztyén Egyház, a Horvátországi Református Keresztyén (Kálvini) Egyház és a Szlovéniai Református Keresztyén Egyház.
Az intézményes kapcsolatok csak a rendszerváltást követően élénkülhettek meg, de az évszázados testvéri közösség és a hitvallásos egység az elszigeteltség évtizedeiben is megmaradt a Kárpát-medencei magyar reformátusok között.