Az 1848. márciusi forradalmi hullámot követően a császár kinevezte az első felelős magyar kormányt, az országgyűlés pedig elfogadta a polgári társadalom alapjait lerakó áprilisi törvényeket, köztük a vallásügyi törvényt, mely végre biztosította a protestánsoknak a vallási egyenjogúságot.

Az osztrák császár fegyveres támadásakor nemcsak a reformok újtára lépett hazájuk jövőjét, de szabad vallásgyakorlásuk biztosítását is veszélyeztetve látták, ezért készek voltak tenni ennek megtartásáért, és támogatták a kormányt az elért eredmények, és Magyarország függetlenségének megőrzéséért folytatott harcban.

A sikeres forradalom után az egyházkerületek körlevelekben hívták fel a lelkészek figyelmét, hogy minden lehetséges alkalommal intsék a lakosságot a törvényes út megtartására, buzdítsák őket a kormány iránti bizalomra, hiszen egy alapvetően új helyzetben kellett eligazodniuk. A szabadságharc alatt pedig ki-ki vérmérséklete szerint vett részt a küzdelemben. Sokan a lelkészek közül tábori lelkésznek jelentkeztek, és a kollégiumok diáksága nagy létszámban állt be honvédnek.

Az 1848 decemberében Debrecenbe menekülő kormánynak és parlamentnek hely kellett a működéshez, így a kollégium épületében rendezkedtek be. 1849. április 14-én a Nagytemplomban ülésezve fogadták el és hirdették ki Magyarország függetlenségét és a Habsburg-ház trónfosztását.

A szabadságharc legismertebb mártírjai, az aradi tizenhármak között nem voltak reformátusok, de a széles megtorlás áldozatai között lelkipásztorokat, tanítót, német alezredest, gyárost, a nyelvújítás vezéralakjának, Kazinczy Ferencnek a fiát, és Csehországban kivégzett huszárokat is találunk, rájuk emlékezünk ezzel az írással.

Az 1849. augusztus 13-i világosi fegyverletétel után az osztrákok az 1848-ban megszerzett jogokat jelentősen korlátozták, a reformátusok is egyetlen tollvonással elveszítették egyházi autonómiájukat. Ez az időszak tíz évig tartott, amikor a protestáns egyházak helyzetét végleg rendezni szándékozó protestáns pátens (nyílt parancs) ellen olyan országos ellenállás szerveződött, hogy az uralkodó csak a pátens felfüggesztésével és a protestáns egyházaknak az 1848 előtti helyzetbe visszahelyezésével tudta a forrongó országot lecsendesíteni.